KNOPPIX 3.2にデフォルトでインストールされていたEmacsの.emacsは以下のような感じになっており、xemacsのときのみshell-mode-hookで文字コードをEUCに設定しています。
; xemacs の shell-mode で 日本語 EUC が使えるようにする (if (featurep 'xemacs) (add-hook 'shell-mode-hook (function (lambda () (set-buffer-process-coding-system 'euc-japan 'euc-japan)))) )
上記をそっくりそのまま以下に置換。
(add-hook 'shell-mode-hook '(lambda () (set-buffer-process-coding-system 'euc-jp-unix 'euc-jp-unix)))
これでshell-modeで日本語が使えるようになりました。