Linuxを使っていて悩ましいのがディストリビューションがバージョンアップした際のアップグレードです。もちろん最近のディストリであればインストーラでアップグレード・オプションを選択することで自動的にアップグレードできることが多いですが（パッケージ管理システムでもアップグレードできますね）、アンオフィシャルなパッケージを入れているとアップグレードできなかったり、アップグレードは可能なものの、自分でソースからビルドしたソフトウェアが動かなくなったりということが起こります。
Fedora/RedHatにはyum、Debian/Ubuntuにはaptというパッケージ管理システムがあるわけですが、アップグレードしながら長く使うことを前提とするのであれば、基本的にはオフィシャルなパッケージ以外は入れないほうが吉です。Debianは「一度インストールしたら再インストールの必要はない」と言われていますが、これはあくまでも全てのソフトウェアがパッケージ管理システム上で管理されていればの話です。なので、やむを得ずソースからビルドする場合でも、できるだけパッケージにして依存関係をパッケージ管理システムで管理できるようにしておきます。面倒ですが、こうしておくことでアップグレード時にきちんと検出されるのでアンインストールしたり、ソースからリビルドしたりといった対処ができるようになります。野良パッケージもアップグレード時に足枷になる可能性があるので微妙なところです。きちんと依存関係が宣言されているものであればいいのですが…。
まあ、gccのバージョンアップがあったので個人的に敏感になっているだけかもしれませんが、Linuxユーザの皆さん、ディストリのアップグレードはどうしてるんでしょうかね〜。
