Qiitaの以下の記事に従ってKarabinarを設定してみたのですが、この設定をすると外付けキーボード(USB接続)を接続していないときでも内蔵キーボードが無効になってしまいました。
いろいろ試してみたのですが、上記の記事の設定に加えて「Ignore devices that do not have valid Vendor ID and Product ID」にもチェックを入れることで外付けキーボードを接続しているときのみ内蔵キーボードが無効になるようになりました。
めでたし、めでたし。