あるかなーと思って探してみたんですが、ないようなので作ってみました。
カンマ区切りのテキストを範囲選択して右クリック→「Convert CSV to Matkdown table」を選択するとGFMのテーブル記法に変換します。apm publish
しておいたのでAtomのパッケージマネージャからインストールできます。
CSVといっても単純にカンマで区切っているだけだったり、右寄せ・中央揃えとかできなかったりと作りが甘い部分はありますが、まあその辺は今後の課題ということで。あと、Markdownファイルの場合はキーボードショートカットで使えるようにしたいですね。
しかしAtomのプラグイン作るときくらいしかCoffeeScript使わないので書き方がよくわからないですね…。