JekyllでGitHub-flavored Markdownを使うために今までredcarpetを使っていたのですが、GitHub Pagesでは2016年5月以降、kramdownのみのサポートになるようです。
kramdownはデフォルトではコードブロックの記法などがGFMと微妙に異なるみたいなのでどうしようかなぁと思っていたのですが、どうやら_config.ymlに以下の設定を追加することでGFMの記法が有効になるようです。
markdown: kramdown kramdown: input: GFM hard_wrap: false
GitHub Pagesのドキュメントにもちゃんと書いてありました。
以下のエントリを見るとGitHub PagesのJekyllではMarkdown以外のkramdownへの一本化と同時に2016年5月からTextileのサポートも打ち切られるようです。
