Atomはデフォルトでは保存時に行末の空白を削除し(ただしなぜかカーソル行の行末は除く)、ファイルの末尾が改行で終わっていない場合は改行を追加します。
通常は自然な動作かもしれませんが、パッチを書く場合など余計なお世話というケースもあります。Atomの設定にはこの挙動をカスタマイズする設定項目は見当たらなかったのですが、どうやらwhitespaceという標準で組み込まれているプラグインの設定でカスタマイズできるようです。
Atomの設定画面のPackagesでwhitespaceで検索し、Settingsをクリックすると以下の設定画面が表示されます。
それぞれのチェックボックスの意味は以下の通りです。
- ファイルの末尾に改行を追加する
- カーソル行の空白は削除しない
- 空行の空白は削除しない
- 行末の空白を削除する
他にも固有の設定を持っているプラグインはたくさんあるのでチェックしてみるといいかもしれません。