DebianのApacheはデフォルトでsuExecが有効になっているらしい。suExecとはCGIをファイルの所有者権限で動かすというもの。
普通にCGIを動かす場合はCGIスクリプトのパーミッションを755など、ユーザ以外でも実行できるように設定しなければならないのですが、suExecの場合は所有者本人だけが実行可能なパーミッションを与えておけばOKです。CGIから書き込みを行なうファイルやディレクトリに関しても同様のことが言えます。
suExecを使うとセキュリティは高くなりますが、逆に755など不要なパーミッションが与えられているスクリプトは実行できません。744などにすれば動きます。
