SBTはプロジェクト内にJavaソースが混在しても一緒にコンパイルすることができます。
Javaコンパイラにオプションを指定するには以下のようにjavaCompileOptionsをオーバーライドすればいいようです。
override def javaCompileOptions = super.javaCompileOptions ++ Seq("-source", "1.5","-encoding", "utf8").map(x => JavaCompileOption(x))
機能的には充分ですが、Mavenと比べるとちょっと原始的な感じがしますね。
