Enigmailというものを使うとThunderbirdで簡単にGnuPGを使った暗号化・復号化を行うことができます。以下のサイトからxpiをダウンロードしてThunderbirdにインストールします。あと、LanguagePackもインストールしておく必要があります。
以下、参考URLです。
んでもってSylpheedからデータを移行。Sylpheed側でフォルダごとにmboxとしてエクスポートして、Thunderbirdのメールディレクトリに放り込むだけ。量が多いので面倒だけど、特に問題なく移行完了。